| 党政管理部门 | |
| 办公室（发展规划处） | 组织部（统战部、人才办） |
| 宣传部 | 纪检监察室 |
| 学生工作部（学生处） | 研究生院（研究生工作部、学位办） |
| 人事处（教师工作部） | 学科建设办公室 |
| 教务处 | 科研部 |
| 医院管理处 | 社会合作处（校友办） |
| 资产与实验室管理处 | 计划财务处 |
| 审计处 | 国际合作交流处、港澳台事务办公室 |
| 离退休工作处 | 安全保卫处（人武部） |
| 后勤管理处 | 校区管委会 |
| 机关党委 | 工会 |
| 团委 | 妇联 |
| 教学机构 | |
| 第一临床医学院 | 第二临床医学院 |
| 第三临床医学院/康复医学院 | 第四临床医学院 |
| 第五临床医学院 | 杭州临床医学院 |
| 基础医学院 | 公共卫生学院 |
| 口腔医学院 | 药学院 |
| 护理学院 | 医学技术与信息工程学院 |
| 生命科学学院 | 人文与管理学院 |
| 继续教育学院 | 国际教育学院 |
| 马克思主义学院 | 体育部 |
| 创新创业学院 | |
| 科研机构 | |
| 中医药科学院 | 中医药文化研究院 |
| 教辅机构 | |
| 教师教学发展中心（高教研究所） | 图书馆 |
| 信息技术中心 | 中医药博物馆 |
| 资产经营有限公司 | 招标与采购中心 |
| 独立学院 | |
| 滨江学院 | |
| 直属附属医院 | |
| 附属第一医院(浙江省中医院） | 附属第二医院(浙江省新华医院） |
| 附属第三医院(浙江省中山医院） | 附属杭州市中医院 |
| 非直属附属医院 | |
| 附属金华中医院 | 附属宁波中医院 |
| 附属中西医结合医院 | 附属杭州第三医院 |
| 附属杭州西溪医院 | 附属肿瘤医院 |
| 附属衢州中心医院 | 附属嘉兴中医院 |
| 附属温州中医院 | 附属杭州口腔医院 |
| 附属富阳中医骨伤医院 | 附属湖州中医院 |
| 附属同德医院 | 附属绍兴中医院 |
| 附属温州中西医结合医院 | 附属温岭中医院 |
| 附属舟山中医院 | 附属丽水中医院 |
| 附属杭州儿童医院 | 滨江学院附属江南医院 |
| 滨江学院附属富阳第一医院 | 附属四省边际中医院 |
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