学校拥有各级各类重点学科149个，其中中医临床基础为省属高校中唯一的国家重点学科，中医学入选“十四五”浙江省登峰学科，中药学、中西医结合入选“十四五”浙江省优势特色学科，临床医学、药学、护理学、公共卫生与预防医学、公共管理等5个学科入选“十四五”浙江省一流学科（B类）；学校共有国家中医药管理局重点学科38个，浙江省重点学科40个，浙江省中医药管理局重点学科64个，浙江省医学重点学科5个、医学支撑学科1个。临床医学、药理与毒理学、生物学与生物化学、农业科学、分子生物学与遗传学学科进入ESI全球学科排名前1%，ESI学科机构排名位列全国中医药院校第五位。中医血液病学等13个学科进入2023年度全国中医医院学科（专科）学术影响力榜单前十位。2022-2024连续三年在软科中国大学排名中列全国中医药院校第5位，在2024软科世界大学学术排名1000强中列665位（全国中医药院校第二）。

近年来，学校瞄准中医药领域的科技前沿和关键问题，着力提升中医药基础研究能力和关键技术突破能力，推动科研创新能力显著提升，基础条件不断垒实，科研项目持续增长。围绕建设一流中医药大学任务，不断推进一流科研工程建设，大力加强有组织科研的开展及创新探索。学校建有教育部医药基础研究创新中心和血液病、免疫风湿病国家中医临床研究基地，拥有国家中医药管理局重点研究室3个、国家中医药科研实验室（三级）10个、国家中医药管理局协同创新中心1个、全省重点实验室5个、浙江省重点实验室10个、浙江省临床医学研究中心1个、浙江省新型研发机构1个、浙江省协同创新中心4个、浙江省工程研究中心10个、浙江省国际科技合作载体11个以及浙江省哲学社会科学重点培育研究基地、浙江省习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心研究基地等省部级以上科研平台60个。2022年12月30日，由我校和金华市人民政府共建的浙江中医药大学金华研究院（浙中实验室）正式揭牌成立，已获批省级新型研发机构，正式场地（长三角中医药科创园项目）于2025年初开工建设，将打造中医药与大健康领域“国内领先、国际一流”的创新成果转化高地。2023年9月28日，我校和杭州市富阳区人民政府合作共建的浙江中医药大学富阳研究院正式成立，已获批设立浙江省现代中医药产业专利导航服务基地、落地学校首个院士工作站，未来将打造“高能级、全球化、高辨识度”的现代中医药产业创新高能级平台。